WindowsにおけるMicrosoft系のデータベースを利用したアプリケーションには、どの形式（データベースエンジン）でどの手法を利用するか、さまざまです。以下にそれぞれの特徴を示します。
なお、ここでは、「Windowsアプリケーションにおいて、データアクセス手法は、なにを使うのが良いか」に主眼を置いています。RDBMSの選定基準ではありません。（RDBMSなら、お金がないならPostgreで、あるならOracleかな）

• データベースエンジンの選定 (MSDE vs. JET)
• データアクセス手法 (ODBC, DAO, RDO, ADO)

上記の内容を踏まえて、スタンドアローンなアプリケーションの場合の（個人的な見解に基づいて）選定基準を以下に示します。
性能などは、実際にプログラムを作って試してみないとなんともいえないところもあります。

要求・目的	データベースエンジン	アクセス手法
SQL Serverに移行する予定がある	MSDE	ODBC or DAO
データベースが大規模だ	MSDE or SQL Server	ODBC or DAO
アクセスするユーザがたくさんいる	SQL Server	ODBC or DAO
トランザクションをきちんと管理したい	MSDE or SQL Server	ODBC or DAO
SQL言語(SQL92)の互換性を維持したい	MSDE or SQL Server	ODBC or ADO
パフォーマンス重視	JET	DAO or RDO
MDB形式じゃなきゃやだ！	JET	DAO
簡単じゃなきゃやだ（MFCを使いたくない）	JET	ADO
簡単だが、DDLも使いたい	JET	ADO + ADOX
最新じゃなきゃやだ	MSDE2003(?)	ADO.NET
開発コストを抑えたい	JET	ADO
配布形態を楽にしたい	JET	ODBC

上記の選定以外にもさまざまな組み合わせが考えられます。目的・要求を踏まえて選定してみてください。

もちろんC/S形式であれば、無条件に[MSDE or SQLServer]＋ADO.NETでしょう。