2前作のDSと比べると難易度はかなり低くなった。と言うか全体的にコースが短すぎると思う 1SFC版ヨッシーアイランドの続編。ベビィマリオ、ルイージが無事に親元へと届けられたというEDから続くストーリーだが、実は届け先の親元が間違っていた、という衝撃的な展開から始まる…。