2サムス以外のハンター達はモーフボールの変わりにコマやイモムシに変形したり、上半身と下半身が分離したりと、なかなかの人間離れっぷり。 1主観視点になってもしっかりとメトロイドを体現したプライムシリーズの携帯機版。今回は対戦モードをメインとしており、ロックオンが廃止されるなとFPS感がアップ。主人公のサムスの他にも6人の個性的なハンター達が使用でき、WiFiによる通信対戦も可能。2006年6月1日発売。